Aunque Yamaha movió el mercado en 1998 con su YZF 400, se considera a esta CRF como la moto que revolucionó la categoría de motrocross MX1 con su innovador modelo. La primera CRF 450 R era más ligera, más estrecha, mas potente, evolucionada y por tanto, más efectiva que la Yamaha YZF 426 de 2002 y el resto de sus competidoras. Con sus 102 Kg declarados en seco, era 3 Kg más ligera que la Yamaha y 5 Kg más ligera que la KTM 520 SX. 

Con un único árbol de levas y 4 válvulas de su exclusivo sistema Unicam, consiguieron un motor muy compacto y ligero que rendía 55 cv a 9.000 rpm. Yamaha subiría al año siguiente la cilindrada de su YZF a 450 cc para equipararse a esta Honda.

El chasis es de doble viga en aluminio (de tercera generación), una evolución del que llevaba usando ya en las CR de 2 tiempo.

En 2003 recibió pequeñas mejoras en el motor, cerraron un poco la dirección y redujeron algo la distancia entre ejes, buscando una mayor agilidad.

En 2004 le pusieron un pistón mas ligero, mayor relación de compresión además de diversos cambios para aligerar aún más la moto. 

En el modelo de 2005 incorporaron un chasis de cuarta generación, con vigas más estrechas de mayor sección, nuevo subchasis de aluminio y nuevo basculante, así como pequeñas revisiones en la parte ciclo.  También recibió mejoras en el sistema de refrigeración, en el cambio y una nueva caja de filtro. Este año Honda declaraba un peso de 100,5 kg. 

En 2006 variaron la colocación del motor, más bajo y adelantado. 

Durante 2007 el carburador aumentó su caudal de 40mm a 41mm. 

Por último, el modelo de 2008 se actualizaría con un CDI con mapas independientes para cada marcha y la incorporación del representativo amortiguador de dirección escondido detrás del portanúmeros delantero, para compensar la nuevas tijas con off set de 22 mm.