La siglas WR (Wide Radio) hacen referencia a la caja de cambios de relación amplia como se usa en enduro en contra de la caja de cambios de relación más cerrada que se usa en lo modelos de motocross. En el año 1998 Yamaha presentaba su modelo WR 400, una moto de enduro basada en el modelo de motocross YZF 400 pero modificada para su uso fuera de circuitos. Durante el año 2000 la cilindrada subió a 426 cc y posteriormente, en 2003, se lanzó la 3ª generación, la Yamaha WR 450 F, un modelo que 20 años después se sigue evolucionando y vendiendo.
El modelo 2003 subió la cilindrada a 449 cc e incorporó arranque eléctrico con descompresor automático y acceso lateral al filtro de aire.
En 2004 se realizaron pequeñas mejoras como la solución de fallos en el motor de arranque. Durante 2005 no hubo cambios significativos y fue en 2006 cuando hubo actualizaciones reseñables: Trip digital, tija con menor ángulo buscando una mayor agilidad, basculante más rígido, pinza de freno y protector más compacto, aparte de asiento más plano y mullido.